Сангийн яам хуульд заасан тусгай зөвшөөрлийг цахим хэлбэрээр олгодог боллоо. Одоогийн байдлаар Сангийн яамнаас дараах 6 төрлийн тусгай зөвшөөрөл, нэг эрх олгож байна. Үүнд:

• Гаалийн зуучлагчийн үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;
• Эд мөнгөний хонжворт сугалаа гаргах тусгай зөвшөөрөл;
• Үнэт цаас үйлдвэрлэх тусгай зөвшөөрөл;
• Аудитын үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;
• Хөрөнгийн үнэлгээ хийх тусгай зөвшөөрөл;
• Татварын мэргэшсэн зөвлөх үйлчилгээний тусгай зөвшөөрөл болон Татварын мэргэшсэн зөвлөхийн эрх олгодог.

Мөн Гаалийн ерөнхий газраас дараах 6 тусгай зөвшөөрөл, 3 зөвшөөрөл олгодог. Үүнд:

• Гаалийн баталгаат агуулахын үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;
• Гаалийн баталгаат үйлдвэрийн газрын үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;
• Гаалийн баталгаат үзэсгэлэнгийн газрын үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;
• Гаалийн баталгаат барилгын талбайн үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;
• Татваргүй барааны дэлгүүрийн үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;
• Гаалийн тусгай бүсийн үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;
• Гаалийн хяналтын бүс тогтоох;
• Түр агуулахын  зөвшөөрөл олгох;
• Тээвэрлэгч байгууллагад гаалийн итгэмжлэл олгох.

Дээрх зөвшөөрлүүдийг Аж ахуйн үйл ажиллагааны тусгай зөвшөөрлийн тухай хуулийн дагуу төрийн байгууллагуудаас олгож ирсэн. Уг хуулийн 6.1 дэх хэсэгт заасны дагуу 3 жилийн хугацаатай олгож 3 жил тутам дахин баримт бичиг бүрдүүлж, хугацааг нь сунгуулдаг. Цаашид Сангийн яам болон харьяа байгууллагаас олгодог тусгай зөвшөөрлүүд зөвхөн цахим хэлбэрээр олгодог болж байна. 

Иргэн аж ахуйн нэгжүүд цаг хугацаа орон зайнаас үл хамааран хэрэгцээт тусгай зөвшөөрлийн хүсэлтээ license.mof.gov.mn цахим хуудсанд илгээснээр систем автоматаар хянан, хариу болон баркод бүхий тусгай зөвшөөрлийг хүсэлт гаргагчид илгээдэг болж байна.