Байгалийн түүхийн музейн барилгыг 24 цагийн турш буулган, дуусах шатандаа оржээ. Иргэд, ТББ-ууд нийслэлийн соёлын хосгүй өв гэж үзэн, барилгыг буулгахыг эсэргүүцэн, музейн өмнө суулт зарласан. Гэвч олон жилийн турш хаалттай байсан барилгыг нураах шийдвэр гарсан юм.

Байгалийн түүхийн музейг анхлан 1924 онд "Үндэсний Музей" нэрээр байгуулж, 1930 онд одоогийн байршилдаа нүүж иржээ. Тус музей 1940-41 онд "Орон нутаг судлах музей", 1956-91 онд "Улсын төв музей" хэмээх нэртэй байсан байна.

1953 онд баригдсан энэ барилгын ашиглалтын хугацаа 2013 онд дуусаж, ашиглахад аюултай болсон тул үйл ажиллагааагаа зогсоосон. Энд Монгол орны газарзүй, геологи ашигт малтмал, ургамал-амьтны аймаг, палеонтологийн олдвор, хүн судлалтай холбоотой 6000 орчим үзмэрийг хадгалж, олон нийтэд толилуулж байв.